问题列表

Gaussian

深腾7000上如何进行Gaussian作业提交?
- 请您参考深腾7000上的文档/home_soft/doc/Commercial_soft/Quick_User_Guide_To_Gaussian.pdf进行作业提交
如何进行.chk文件转化和内容读取？
- .chk是二进制代码文件，是无法直接阅读的。GaussView可以查看其中的结果。在计算节点上使用formchk将chk转化为fchk文件之后就可以用vi读取器内容了。
  formchk在高斯的安装目录下有这个命令,执行这个命令之前要设置好高斯的环境变量，把formchk设置进去:export g03root=/home_soft/soft/x86_64/apps/CompChem source $g03root/g03/bsd/g03.profile 如果是43机器资源的话: source /opt/share/g03config.sh; export PATH=$PATH:/opt/share/g03/
为什么计算cis的作业时不仅出错而且还占了很大的空间呢?
- 存储空间不够了，你可以ssh lb05，然后看下刚进去时候的提示，请及时清理磁盘或者跟客服申请更大的空间。Disk-space used @ /home_soft : 10107 MB (Soft Limit= 8000MB, Hard Limit= 10000MB)
Gaussian作业被杀可能的其他情况?
- 每个SMP作业不能超过8个进程，所以>8进程会出错（刀片就无所谓，但是厚节点就会出问题了）；超过队列时间限制被kill（例如6小时）
输出“Internal input file was deleted!”?
- 这应该是在sgi上的node1 or node2 上并且是在用户目录下运行出的错，这两个节点访问$ HOME有点特别，所以造成了这类的错误。这个问题是由于文件系统导致的，目前没有完美的解决方法，我提供以下的方案，不分先后顺序，完全根据个人喜好。
  x64平台：
  可以考虑用x64平台的gaussian，/home_soft/doc/Business_soft/Quick User Guide_Gaussian.doc是文档。
  IA64平台：
  1），更换运行的主目录。登录到head后，可以看到/workspace/gaussian_workspace，这个目录目前是gauss组的用户可以写。用户可以在这个目录下建立自己的子目录，然后把例子放到下面，按照原来的方式执行即可。
  2），可以指定在head上用IA64版跑。bsub -n 2 -m "head " -q altix_dbg g03_smp.lsf your.com。这个方案只能跑在altix_dbg队列，15分钟。
不允许往/tmp写临时文件?
- 不允许往/tmp写临时文件,仔细阅读/home_soft/doc/Commercial_soft/ 的软件手册
  export GAUSS_SCRDIR=your work directory

Amber

TS reports task <10> pid <14942> on host
killed or core dumped?
- 既然是core dump 了，基本上是程序的问题了，有可能兼容性不好、数据处理越界等等，原因很复杂，最好这个程序能输出点东西来作为参考
Sander/ptraj：error while loading shared libraries: libmkl_lapack.so: cannot open shared object file: No such file or directory？
- 缺少库文件，export LD_LIBRARY_PATH=$MKL_HOME/lib/em64t:$LD_LIBRARY_PATH

Lammps

深腾7000上如何进行Lammps作业提交?
- 请您参考深腾7000上的文档/home_soft/doc/Commercial_soft/Quick_User_Guide_To_Lammps.pdf进行作业提交

Fluent

深腾7000上如何进行Fluent作业提交?
- 请您参考深腾7000上的文档/home_soft/doc/Commercial_soft /FLUENT User Guild by SC.doc 进行作业提交
群上的Fluent的license最多只能同时支持32个CPU运行?
- 当前fluent队列总CPU核数为32，当提交任务与正在运行任务总申请cpu核超过32时作业会等待
目前Fluent的前后处理？
- 目前，因为网络的限制，fluent的前处理工作我们要求用户在本地用自己的软件完成，生成.cas、.jou、.dat文件之后上传到深腾7000上来，通过队列提交作业。胖节点上也安装了fluent，目前还是推荐用户使用x86的。最大并行数32个这是确定的；后处理一般也是用户本地完成。如果需要我们帮助，可以和我们可视化组的同事联系

DL_poly

深腾7000上如何进行DL_poly作业提交?
- 请您参考深腾7000上的文档/home_soft/doc/Commercial_soft/Quick_User_Guide_To_DL_poly.pdf进行作业提交
DL_poly作业初始文件?
- 需要在用户的本地机上先构建好所需的文件然后直接到深腾7000提交
java界面在超算中心可以用吗?
- 不可以，无法提供图形界面

VASP

深腾7000上如何进行VASP作业提交?
- 请您参考深腾7000上的文档/home_soft/doc/Commercial_soft /VASP User Guild by SC.doc 进行作业提交
深腾7000上当计算的体系较大VASP作业时，会因错误而终止，为什么?
- 64核以上规模的vasp请使用openmpi版本的，intelmpi版本的在系统繁忙的时候有可能会出现这样的问题。
  对于vasp，我们建议32核以内。基于最新的openmpi-1.3.3和goto数学库，深腾已经编译了新的vasp程序，运行方式如下：
  bsub -W 15 -n 32 -q x64_dbg -o %J.out -e %J.err mpijob.openmpi /home_soft/soft/x86_64/apps/CompChem/VASP/vasp-goto-openmpi
系统
- error A wrong version of mpi.h file was included. Check include path?
  - 关于"error "SEEK_SET is #defined but must not be for the C++ binding of MPI"是MPI-2的一个BUG
    建议在CXXAPPFLAGS中加入-DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK选项
    建议将C++编译器换成mpiicpc
    查看用户本地目录下是否有mpi.h文件，如果有，请删除
- MPI编译器的选择设置?
  - 您可以在.mpi_type文件中这样写：
    MPI_TYPE="intelmpi"
    #MPI_TYPE="openmpi"
    #MPI_TYPE="mvapich"
    用那个mpi就把前面的#删掉，这样不容易每次修改的时候手误写错
    bsub -a 后面也是相应的写上intelmpi mvapich openmpi
- 自行安装软件?
  - 用户只在自己的home目录有权限写入，所以也只能装在自己的主目录下。不提倡自行安装商业软件，特别是不能占用已装软件的license。安装与运行过程中出现的问题将不予支持
- 文件大小查看?
  - 请参考http://linux.chinaunix.net/bbs/thread-920176-1-1.html
    1、quota和 du 都是以block为基本单元进行统计的。
    2、你的输出都是大文件时情况可能会好一些（针对从用户的角度讲有办法减少ls和du的差距来讲）
- 文件copy失败可能原因?
  - 执行的文件没有被正常copy，我再copy一下就没有问题了，这时候是文件系统同步还未完成。
- 深腾7000里的环境变量配置的遵循规则?
  - 深腾7000里的环境变量配置大概是遵循以下规则的：
    对于RH系统（除胖节点以外），登录的时候，先读/etc/profile(profile里会去读/etc/profile.d/中的配置)，再读~ /.bash_profile，而直接ssh或是bash或是提交作业的话，则只读~/.bashrc
    对于SUSE系统（即胖节点），登录的时候，先读/etc/profile(里面会读/etc/profile.d和/etc/bash.bashrc），再读~/.bashrc和~/.bash_profile，而直接ssh或是bash或是提交作业的话，先读/etc /bash.bashrc(里面会读/etc/profile)，再读~/.bashrc
- 如果需要屏幕输出到自己指定的文件如何做?
  - 如果需要屏幕输出到自己指定的文件可以这样做，
    bsub -n 1 .... -e %J.err -o %J.out [mpirun.lsf] < output.sh
    $more output.sh
    $command > youroutput.file
    这样可以把输出写到youroutput.file里面
- 已经结束的作业作业号查看?
  - 已经结束的作业作业号只能“bjobs -a username”查看，只能您自己在根据查看的信息查找作业对应的作业号了
- 关于断点续传?
  - 在window下面，据说可使用FileZilla或者psftp(putty的一部分）。在Linuxg下面，确定可使用gftp,http://zh.wikipedia.org/wiki/GFTP, 可以断点续传。159.226.49.66需要两次密码认证，可能是这个原因，导致cuteftp导致软件连接不成功。可以试试159.226.49.80，这个地址只需要一次密码认证。
- 如何查看某个队列中所有机器的状态?
  - bqueues -l QUEUE_NAME
    在这个命令的输出中，可以找到这么一行输出
    HOSTS: CB_FLUENT/ ＃CB_FLUENT是hosts的名字HOSTS_NAME
    然后，使用命令：
    bhosts HOSTS_NAME
    就可以查看到整个队列中所有机器的状态。
    相当用SGE 中的 qstat -f -q QUEUE_NAME

Gaussian

Amber

Lammps

Fluent

DL_poly

VASP

系统